Staroslavné Karolinum – unikátní soubor budov s gotickým jádrem – užívá Karlova univerzita již od roku 1383. Za více než 600 let došlo jen k dílčím úpravám. Historická struktura se tak dochovala ve velmi autentické podobě, ale také velmi zchátralá, a Karolinum stanulo na prahu 20. století ohrožené ve své stavební podstatě. Návrh rekonstrukce, realizovaný po roce 1945, je zakladatelským počinem tzv. syntetické obnovy památek, která organicky propojuje staré a nové v umělecky svébytný a funkční celek. Fragnerova rekonstrukce Karolinum očistila, se zkušeností funkcionalisty jasně definovala nové funkce a s minimálními prostředky vytvořila atmosféru ušlechtilosti a vznešenosti, která je však přátelská, nikoliv jen odtažitě monumentální. Svým vyzněním jako by se hlásila ještě k tradici Plečnika a první republiky.

V roce 1934  byly zahájeny stavební průzkumy a nejnutnější opravy hrazené z veřejné sbírky. Práce neustaly ani za okupace, kdy se objevily plány radikální přestavby pro potřeby Německé univerzity, které naštěstí padly s koncem války.

Roku 1945 se rekonstrukce celého areálu Karolina stala součástí vládního programu a úkol byl svěřen Jaroslavu Fragnerovi. Fragner přistoupil k rekonstrukci pietně, avšak s vizí vybudovat moderní areál pro současnou univerzitu. Klíčem jeho koncepce je architektonické vrstvení, precizní detail, pečlivé řemeslné zpracování kvalitních materiálů (dřevo, bronz/měď a kůže). Exkluzivním doplňkem je umělecká výzdoba, která hovoří stejným tlumeným jazykem.

Ve třech etapách byl obnoven karolinský dvorec s Velkou aulou (1949), staré Karolinum a Vlastenecký sál (původní karolinská knihovna) a do roku 1969 pak celý karolinský areál.

Karolinská rekonstrukce je vrcholným dílem Fragnerovým i důležitým mezníkem v dějinách naší architektury.